1454年，也先被暗殺。瓦剌不久進(jìn)入了內(nèi)亂，再也沒有恢復(fù)以前的輝煌。重新顯現(xiàn)黃金家族的復(fù)辟也先死后，瓦剌發(fā)生內(nèi)訌。蒙古宗室毛里孩驅(qū)逐瓦剌西遷，擁立脫脫不花子馬兒可兒吉思為汗，黃金家族重新恢復(fù)統(tǒng)治。但是，這并沒有帶來往日的輝煌，接踵而來的是不斷的內(nèi)訌。直到1465年，成吉思汗的第27代繼承人滿都古勒大汗打敗了弒君者，才結(jié)束了內(nèi)亂。他在位期間，強(qiáng)化汗權(quán)，為蒙古中興奠定了基礎(chǔ)。 1469年，其在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟(jì)農(nóng)的一次戰(zhàn)爭中去世。而博勒呼濟(jì)農(nóng)在他能夠稱汗之前的1470年也被暗殺。一度人丁興旺的黃金家族中，可憐地僅剩下一個(gè)5歲的男孩、博勒呼濟(jì)農(nóng)之子達(dá)延。達(dá)延的命運(yùn)及其不幸，家族的長輩都在內(nèi)訌中死去，小小的孩子孤苦無依，連他的母親都拋下他改嫁了，這簡直比成吉思汗年幼時(shí)的遭遇還要悲涼。所幸，滿都古勒汗的年輕遺孀滿都海賽音可敦把他置于自己的保護(hù)之下。滿都海賽音可敦是一個(gè)很了不起的女人，她不但撫養(yǎng)了達(dá)延，還在1470年宣布他為大汗。后來滿都海賽音可敦率領(lǐng)軍隊(duì)打敗了瓦剌人，將他們徹底趕出了蒙古高原中東部地區(qū)。為達(dá)延汗日后的統(tǒng)治奠定了基礎(chǔ)。
達(dá)延汗是蒙古帝國統(tǒng)治時(shí)間最長的大汗，從1470年到1517年整整47年。在1481年親政之后，達(dá)延汗鎮(zhèn)壓了右翼土默特人、兀良哈人（又稱朵顏三衛(wèi)）的叛亂。并從1497年到1505年間，他對從遼東到甘肅的明北部地區(qū)進(jìn)行了攻擊，使得明無法與衛(wèi)拉特人聯(lián)系。雖然達(dá)延汗的長期統(tǒng)治穩(wěn)定了蒙古帝國汗位傳承，但并沒有克服蒙古民族的最大弱點(diǎn)－－實(shí)行瓜分家族遺產(chǎn)的習(xí)慣法。當(dāng)?shù)蹏膭?chuàng)建者死后，帝國便成了一種類似后來聯(lián)邦式的民族國家，國內(nèi)的各級首領(lǐng)，都是兄弟或堂兄弟，他們雖然承認(rèn)察哈爾部的最高權(quán)利，但處于相當(dāng)?shù)莫?dú)立狀態(tài)。隨著時(shí)間的流逝、推移，察哈爾部的汗位繼承者們逐漸失去了足以統(tǒng)治整個(gè)蒙古的力量，西方的衛(wèi)拉特人和東方興起的通古斯人（滿族）都是他們可怕的敵人。但這個(gè)時(shí)候，衛(wèi)拉特人正在對付哈薩克汗國、沙皇俄國以及內(nèi)部的綽羅斯家族與和碩特家族的權(quán)力爭奪，因此，結(jié)束蒙古帝國歷史的，只能是通古斯人建立的后金了。
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